封閉房間艾灸易導致中毒，因為在封閉的環境下做艾灸會產生一氧化碳，當封閉環境中的一氧化碳超過身體所能承受的量時，會因為吸入過多一氧化碳而中毒。而且還會刺激呼吸道，出現呼吸困難，尤其是哮喘患者，會導致哮喘發作。
此外在艾灸的過程中會產生大量的有毒揮發油，這種物質會導致皮膚粘膜受刺激出現變化，讓人發生過敏，過敏癥狀嚴重還會讓人昏迷。而且這些有毒揮發油會刺激中樞神經讓大腦興奮，讓人睡眠受影響，甚至嚴重會出現抽搐，傷害大腦細胞。所以最好不要再封閉的房間中進行艾灸，若想要用艾條熏房間，建議人不要待在房間中，避免身體吸入過量煙霧帶來傷害。
另外注意艾灸的時間并不是越長越好，艾灸時間太長會增加身體陽氣，讓陰陽失去平衡，導致陽氣過盛火旺，若身體有火，易因為陽氣旺盛而出現不適癥狀，所以艾灸的時間不要太長，保持在15~20分鐘左右即可。