腸胃炎一般不需要手術，可以通過藥物保守治療恢復。如果腸胃炎導致患者出現胃腸穿孔、腸梗阻、腸套疊等情況，則需要做手術進行治療。
1、胃腸穿孔：如果腸胃炎病情發展導致黏膜糜爛壞死，可誘發胃腸穿孔的可能，穿孔后為防止相鄰的臟器發生粘連、胃腸液進入腹腔引起感染，以及緩解腹痛、感染中毒性休克等情況，此時需要及時手術處理；
2、腸梗阻：腸胃炎可以導致電解質失衡，胃腸功能紊亂及運動失調，少數情況下可出現腸梗阻。如果通過禁食水、胃腸減壓以及補液對癥治療后無好轉，為防止長時間梗阻導致腸管壞死等情況，需要及時做手術將梗阻解除；
3、腸套疊：當腸胃炎導致腸道運動失調，可以導致腸套疊的出現，部分患者可以通過灌腸恢復，經治療無效者也需要通過手術進行治療。