根治扁平疣，患者可外用抗病毒藥和角質剝脫劑，密集多發的扁平疣需應用免疫調節劑，也可采取物理療法。
扁平疣是人乳頭瘤病毒感染引發的，會在皮膚表面形成扁平的褐色丘疹，患者可外用抗病毒的藥物和角質剝脫劑進行治療，如水楊酸軟膏、阿達帕林凝膠等，應用這些藥物可以減少病毒復制，并能促進疣體脫落。如果是密集多發的扁平疣，還需在醫生的指導下應用免疫調節劑，如卡介菌多糖核酸注射液、注射用胸腺五肽、鹽酸左旋咪唑搽劑等，這些藥物能夠提高免疫力，促進病情好轉的同時也可以降低復發率。部分扁平疣需在醫生的指導下采取物理療法進行治療，如液氮冷凍該方法是利用液氮的低溫使疣體壞死和脫落。也可在醫生的指導下選擇激光治療，利用激光的熱度將疣體灼燒破壞，達到清除的目的。這些物理方法能清除疣體，但也有可能會留下疤痕，需謹慎選擇。患者的治療需要在醫生的指導下進行，以免出現不良反應。