若早孕試紙使用方法正確，早孕試紙沒有異常的情況下，出現假陰性的概率比較低，一般在10%左右。市場上的早孕試紙敏感性及準確度都較高，但是可能會受其他因素影響，因此不能作為最終依據。
早孕試紙出現假陰性，可能與早孕試紙過期、受潮變質、儲藏方式不當有關。早孕試紙檢測時建議取晨尿，因為此時尿液中HCG(人絨毛膜促性腺激素)濃度較高，早孕試紙的準確性較高。但是，如果有大量喝水的情況，可能會沖淡尿液，導致出現假陰性的結果。另外，受孕時間較短，HCG值較低無法檢測到，或者早孕試紙上顯示的顏色淺不易被發現，也可出現假陰性。
平素月經規律的育齡期女性，如果出現停經現象，建議不要僅靠早孕試紙來判斷，還應該及時到醫院進行全面檢查。早孕試紙是通過檢測尿液中HCG的含量，來確定是否懷孕，并不能排除宮外孕等異常妊娠。同時也不能保證準確率百分百，如操作不當、過早驗孕等，都可能會影響檢測結果，因此建議還是到醫院進行超聲、血HCG等檢查來判斷是否懷孕。