通常情況下，月經快結束了跑步后又來了，考慮是子宮內膜沒有恢復、內分泌紊亂等原因引起的，需根據實際情況進行相應處理。具體分析如下：
1.子宮內膜沒有恢復：月經快結束的時候子宮內膜還沒有完全恢復正常，這個時候進行跑步，通常會導致月經再次來潮，一般屬于正常現象。建議選擇幅度比較小的運動，多休息，注意保暖，避免腹部著涼。
2.內分泌紊亂：如果內分泌紊亂，通常會出現月經頻繁、月經淋漓不盡、月經期延長等癥狀，就會出現月經快結束了跑步后又來了的情況，建議在醫生指導下服用黃體酮軟膠囊、益母草顆粒等藥物進行調理。