內臟神經系統不一定是自主神經系統，有一部分不是自主神經系統。
內臟神經系統作為整個神經系統的一個有機組成部分，按其分布位置可以分為中樞神經系統與外周神經系統。軀體運動發出神經支配骨骼肌自主運動，體感傳入神經掌管著皮膚及運動感覺，內臟神經則支配著內臟感覺及運動。內臟運動神經管理平滑肌、心肌、腺體等，內臟神經感覺管理內臟感覺，內臟神經系統支配各內臟活動及感受，并不一定是由大腦控制。
而自主神經系統單一或主要由傳出神經組成，受大腦支配，所以內臟神經系統不一定都是自主神經系統。