做火龍灸最佳的時間段，如果按年計算應該為三九天和三伏天，也可在春分和秋分。三九天常指從冬至逢壬日算起的第3個寒天，三伏天常指出現在小暑與處暑之間，一年中氣溫最高且又潮濕、悶熱的時段。如果按天計算，通常在上午9-11點做火龍灸，效果會較好。
1、按照年計算：火龍灸與其他艾灸有一定差別，普通的艾條灸或艾灸，火力較為溫和，而火龍灸由于灸的時間長、面積大，補充人體陽氣的作用也相對較強，所以容易導致上火。在三九天時，人體的陽氣相對較為虛弱，而外界寒氣較盛，此時做火龍灸，則不容易導致上火，且補充陽氣的效果較為理想，可以緩解較多寒性疾病，也可以起到預防的作用。在三伏天做火龍灸，對陽氣不足或寒邪升伏，以及病程較長的慢性疾病，治療效果會較好，因為可以借助自然界的陽氣進行溫陽散寒，可以使人體潛伏的寒邪驅趕出體外。另外，由于春分、秋分主要為陰陽轉換的季節，此時做火龍灸，對人體內的陽氣有一定的保健作用；
2、按照天計算：如果按天進行計算，通常在9-11點做火龍灸相對較好，因為此時為人體陽氣生發最佳的時候，且離早飯和中午飯均有一段時間，不會影響腸胃功能，效果也較好。但通常不建議在晚上進行火龍灸，因為容易引起失眠。
