益智仁使用不當可能會引起過敏反應、胃腸道不適、失眠、心悸、血壓波動等副作用；益智仁的禁忌通常有忌超量使用、忌配伍不當、陰虛火旺者忌用、熱證者忌用、有實火者忌用等；患者應在中醫醫師的指導下用藥。
一、副作用
1、過敏反應：部分過敏體質人群可能對益智仁過敏，使用后可能出現皮膚瘙癢、紅斑、風團等過敏癥狀，這是因為益智仁中的某些化學成分被免疫系統識別為外來抗原，從而引發了免疫反應。
2、胃腸道不適：若使用劑量過大或本身脾胃虛弱者，可能會引起胃腸道不適，如惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀。
3、失眠：益智仁含有一些興奮神經系統的成分，在某些情況下，可能會導致神經系統過度興奮，從而引起失眠。
4、心悸：少數情況下，可能會引起心悸，表現為心跳加快、心慌等癥狀。這可能是因為益智仁對心血管系統產生了一定的刺激作用，使心臟的節律或收縮力發生改變。
5、血壓波動：對于一些血壓不穩定的人群，使用益智仁不當可能會導致血壓波動。
二、禁忌
1、忌超量使用：益智仁雖然具有溫脾止瀉、攝唾涎、暖腎固精縮尿等功效，用藥劑量必須嚴格控制，超量使用容易引發上述的副作用。
2、忌配伍不當：在與其他藥物配伍時，需遵循中藥的配伍原則，不宜與某些性質相反的藥物同時使用，否則可能會降低藥效或產生不良反應。
3、陰虛火旺者忌用：陰虛火旺的人群體內陰液虧虛，陽氣相對偏亢，而益智仁性溫燥，使用后會進一步加重體內的燥熱之象，導致陰虛火旺的癥狀加劇。
4、熱證者忌用：對于患有各種熱證，如外感風熱、肺熱咳嗽、胃火牙痛等患者，不宜使用益智仁。因為其溫熱之性會助長體內的熱邪，使病情加重，不利于身體的恢復。
5、有實火者忌用：有實火的患者，如高熱、面紅目赤、大便干結、小便短赤等，使用益智仁會使實火更旺，可能引發更嚴重的不適癥狀，影響身體的正常生理功能和疾病的治療。
在使用益智仁期間，患者應注意飲食清淡，避免食用辛辣、油膩、刺激性食物，同時保持良好的作息規律和情緒穩定。