淋巴瘤干細胞移植時一般沒有痛苦，但是當麻藥效果消失后，患者可能會感覺到痛苦，多數也可以忍受，或者醫生會給予止痛藥減輕疼痛感，不需要過于擔心。
淋巴瘤是原發于免疫系統淋巴組織的惡性腫瘤，臨床癥狀是進行性無痛性淋巴結腫大，有的還伴有發熱、盜汗、體重下降等全身性癥狀。干細胞移植可以幫助淋巴瘤患者在經過放療或者化療后，盡快恢復造血功能，控制病情。
移植干細胞時通常會在局部注射麻藥，因此在做手術時患者感覺不到較大的痛苦，但是在麻藥消退以后會有疼痛感出現，通常可以忍受。如果患者疼痛的情況較為嚴重，可以在醫生指導下通過止痛藥緩解。
干細胞移植通常分為自體干細胞移植和異體干細胞移植，自體干細胞移植是提取自身的細胞制成干細胞，通常不會出現排異反應。但異體干細胞移植是提取他人身體的細胞，在制成干細胞以后移植在患者身上，可能會出現排異反應。
在做完干細胞移植以后，可能還需要進行化療等輔助治療，可以減少癌細胞出現擴散的情況，并且也可以減少疾病復發的幾率。在治療期間還需要定期到醫院進行復查，觀察疾病的恢復情況。