男性支原體取樣一般不會很痛，可能會有輕微疼痛或者有一點不適感，多數患者可以忍受。支原體是引起男性非淋菌性尿道炎的病原體，可以使用抗生素進行治療。
支原體感染主要是患者通過不潔的性行為和性接觸感染，可引起尿頻、尿急、疼痛等尿道刺激癥狀，以及尿道分泌物稀薄。一般診斷支原體感染，需要取支原體分泌物進行培養，使用棉簽或拭子深入尿道2-4厘米左右然后旋轉，這樣可以提取局部分泌物進行相關檢查。因為男性尿道比較敏感，插入棉簽可能會引起不適和輕微疼痛，但不會造成很大傷害。
支原體感染是泌尿外科常見病，可進行細菌培養和藥敏試驗，并且根據藥敏試驗選擇抗生素進行治療，例如阿奇霉素片、克拉霉素片等。建議男性尿道取樣前，及時清潔龜頭和包皮，此時檢查結果比較準確。如果男性尿道樣本被龜頭分泌物污染，可能會導致檢查結果異常。