嚴重的牙周炎牙齦萎縮的治療方法包括藥物治療和手術治療，具體內容如下：
1.藥物治療：患者可以使用抗生素來消除致病菌，局部使用鹽酸米諾環素軟膏、醋酸氯己定溶液、丁硼乳膏等藥物，可以直接殺滅病變區域的致病菌，還可以在醫生的指導下服用甲硝唑片、阿莫西林片、紅霉素片等藥物進行治療。
2.手術治療：嚴重的牙周炎牙齦萎縮，無法通過單純的基礎治療解決的情況下，可以選擇手術進行治療。手術方法包括牙周翻瓣術、引導組織再生術、拔牙術、牙種植術等，術后患者需要根據醫生的安排定期復診。