子宮內膜異位囊腫會在一定程度上影響正常懷孕，但也有一定的受孕幾率，具體還需根據囊腫的大小、部位、周邊病灶情況以及是否已經引起輸卵管的異常等進行綜合分析。
子宮內膜異位囊腫中常見的是巧克力囊腫，子宮內膜異位到卵巢，引起局部的反復出血，形成充滿血液的囊腫，嚴重情況下可導致不孕。如果是單側發生＜5cm的巧克力囊腫，另一側的卵巢正常，具備排卵功能，就有一定的懷孕幾率。如果雙側卵巢都有巧克力囊腫，或局部病灶使得卵巢受損嚴重，造成卵泡生長受限，排卵受阻，就可能導致不孕。子宮內膜異位囊腫的患者通常伴有免疫方面的異常，會進一步增加不孕的幾率。如果局部的病灶反復出血，可以造成輸卵管周邊組織粘連，導致輸卵管扭曲變形，正常的拾卵功能喪失，即使排卵正常，也無法完成受精，從而出現不孕。
子宮內膜異位囊腫的治療主要是手術治療，通過手術將局部的囊腫切除，如果周邊有可見的異位病灶也要盡量切除干凈，防止復發。針對輸卵管粘連扭曲的情況，需要解除粘連，使其恢復正常形態，輸卵管通暢，具備拾卵功能后，就有較大的可能正常懷孕。