乳清蛋白粉通常有一定的副作用，主要包括可能引起消化不良、營養不足、增加心臟代謝負擔、增加肝腎代謝負擔等。如果出現上述副反應，應積極明確并給予相應的處理。
1、引起消化不良：乳清蛋白粉含有多種營養物質，包括乳球蛋白、乳鐵蛋白以及免疫球蛋白等，適用于運動員、孕婦以及兒童等人群吃。適量吃乳清蛋白粉，可以為機體提供一定量的營養物質，并且相對容易消化。但如果長期大量吃乳清蛋白粉時，則可能會導致體內營養物質過剩，易引起消化不良，出現腹脹、惡心等不適癥狀；
2、營養不足：乳清蛋白粉的營養成分較為單一，若單純喝乳清蛋白粉，就可能會導致營養物質攝入不均衡，導致部分營養物質缺乏，可能會出現乏力、易疲勞等不適癥狀；
3、增加心臟代謝負擔：若長期大量吃乳清蛋白粉，由于大量攝入蛋白質成分，且蛋白質相對不易消化，所以機體會加快新陳代謝，促進蛋白質消化，進而容易增加心臟負擔，易引起心臟疾病；
4、增加肝腎代謝負擔：喝乳清蛋白粉后需要經過肝臟、腎臟等器官代謝，可能會增加肝腎代謝負擔，導致肝腎代謝功能減弱，表現為食欲不振、水腫等癥狀。同時還容易導致體內嘌呤含量增多，易引起高尿酸血癥。
此外，對蛋白質不耐受的人群喝乳清蛋白粉后，還可能會出現皮疹、腹瀉等副作用，不利于身體健康。但對于部分人認為乳清蛋白粉可能會誘發偏頭痛的說法，并無科學依據證明，因此不建議盲目聽信。