隱匿性陰莖的主要癥狀表現在陰莖上，主要為陰莖皮膚缺乏、包莖、陰莖海綿體發育正常，但藏于恥骨前皮下組織。隱匿性陰莖是一種陰莖外觀短小，但陰莖海綿體發育正常的疾病。
隱匿性陰莖是一種隱匿在皮下的正常發育陰莖體，包皮口與陰莖根部距離較短，包皮呈現一種鳥嘴包繞陰莖，同時與陰莖體不附著，背側短、腹側長、內板多、外板少。同時用手向后推擠陰莖根部的皮膚，可見正常的陰莖體顯露，松開后則迅速回縮。部分患者還會伴有陰莖畸形，如尿道下裂或者尿道上裂、隱匿性陰莖合并包莖、特發性小陰莖等，肥胖的患者還會有部分陰莖體埋藏于恥骨前脂肪堆內。
對于不能上翻包皮顯露陰莖頭的隱匿性陰莖患者，容易出現反復的包皮龜頭炎、包莖，導致清潔困難。如果不及時治療，會影響陰莖的正常發育，造成生理和心理上的障礙，當出現隱匿性陰莖時，建議及時就醫。