2歲寶寶每天凌晨三點要起來可能是饑餓、缺鈣、小兒消化不良等原因導致的，不同原因可采取不同的治療方式。
1.饑餓：寶寶正處于生長發育的黃金時期，對食物的需求量較大，如果寶寶晚上并未吃飽，可能會因為感到饑餓而在凌晨清醒。建議家長根據寶寶的情況調整飲食。
2.缺鈣：缺鈣指的是人體內鈣缺乏的狀態，寶寶缺鈣后可能會出現煩躁、夜間多汗、夜啼驚跳等情況。家長可以按照醫囑給寶寶服用葡萄糖酸鈣口服溶液、維生素D滴劑、乳酸鈣顆粒等藥物進行治療。
3.小兒消化不良：小兒消化不良是小兒消化內科最常見的一組臨床綜合征，寶寶可能會因為感到腹脹、腹痛等而驚醒，還可能會出現哭鬧的情況。家長可以按照醫囑給寶寶服用保和丸、小兒健脾開胃合劑、小兒消食顆粒等藥物進行治療。
小兒佝僂病也可能會導致寶寶出現此類情況，建議家長明確病情后，再對癥治療。