一般情況下，間質瘤11號基因突變有可能會耐藥，需要根據具體情況來判斷，具體分析如下：
間質瘤11號基因突變有可能會產生一定藥物抗性，從而對已經使用過的藥物產生繼發性耐藥，因此間質瘤11號基因突變有可能會耐藥，患者在用藥期間需要定期前往醫院復查，明確病情的發展情況，如果存在耐藥的情況，需要在醫生的指導下及時換藥，避免病情進一步加重。
在治療期間患者要注意適量吃營養豐富的食物，如菠菜、瘦肉等，能夠增加體內的營養，有利于身體的恢復。