艾滋病會引起神經認知障礙。神經認知障礙是艾滋病病變期的常見臨床表現之一，大約50％的晚期艾滋病病毒感染者有輕度的認知障礙，5%的患者有嚴重的認知障礙，可能會表現為癡呆癥。
艾滋病引起的神經認知障礙，主要考慮為艾滋病病毒感染引起的神經系統直接性損害，艾滋病病毒感染可以損傷小膠質細胞與巨噬細胞，被感染的細胞釋放趨化因子和神經毒性物質，會引起腦組織的炎癥，造成中樞神經系統損傷。典型的艾滋病神經認知障礙，多發生在艾滋病的晚期，與全身系統性疾病同時出現。患者會逐漸出現記憶力減退、精神淡漠、性格改變、頭痛、癲癇、癡呆等癥狀，上述臨床特征的進展較為隱匿，早期表現為智力減退、遺忘、注意力不集中、工作能力下降等，部分異常癥狀會突然發生并快速進展。
不過，應用抗病毒藥物治療后，隨著血中艾滋病病毒含量的減少，艾滋病患者的神經認知障礙可以有所改善。艾滋病引起的神經認知障礙早期癥狀多不典型，難以與艾滋病引起的抑郁癥相區分，需要根據神經心理學檢測來排除。