左心耳封堵術的副作用主要包括動脈堵塞、心包積液、血腫等。
1.動脈堵塞：左心耳封堵術屬于一種微創手術，需要使用專門的封堵器來封堵局部的血管，能夠用來治療房顫。但是，也存在一定的副作用，如果封堵器脫落之后容易導致動脈堵塞，也有可能會導致鞘管里面出現血栓，封堵器周邊有血栓等癥狀。
2.心包積液：做手術時操作不當可能會導致左心耳壁出現穿孔的情況，此時便容易增加心包積液等疾病的發病概率。
3.血腫：可以使用患者進行手術時，可能需要通過穿刺的方式來改善，如果穿刺定位不好，便有可能會導致局部的組織出現血腫的情況，進而影響疾病的恢復。