一般肝癌在臨床上并沒有所謂的特效藥，因為藥物治療對于肝癌的效果并不理想，可能與肝癌起病隱匿，容易出現肝內、外轉移等因素有關。而且臨床上肝癌主要采用外科手術或介入治療，比如手術切除、肝移植、血管介入、射頻消融術等。
肝癌常與肝臟疾病有關，如慢性乙型病毒性肝炎，由于肝癌早期癥狀不典型，與其他肝臟疾病癥狀相似，容易漏診或誤診，因此，在病情演變過程中常隱匿起病，一般難以發現。當發現時，基本已經是中晚期，此時已經出現肝內、外轉移，甚至其他部位已有轉移病灶。而甲苯磺酸索拉非尼片、瑞戈非尼片等靶向藥物，治療效果一般不理想，只能起到緩解疾病進展、適當延長患者生命期限的作用。
臨床上肝癌的首選治療為手術切除，但由于癌癥轉移情況比較復雜，無法保證徹底清除癌癥細胞，所以手術切除后仍有比較高的復發率，因此術后也需要加強綜合治療與隨訪。