一般情況下，大便沉淀后底部紅色，患者可以通過藥物治療、手術治療等方式進行治療。具體分析如下：
1.藥物治療：如果患者存在肛周膿腫的問題，可能會導致大便沉淀后底部紅色，可以在醫生指導下使用甲硝唑栓、鹽酸左氧氟沙星片、如意金黃散等藥物進行治療，能夠起到消炎止痛的作用，從而緩解癥狀。
2.手術治療：大便沉淀后底部紅色可能是痔導致的，患者可以在醫生指導下通過血栓性外痔剝離摘除術、環狀吻合器痔環切術等方式進行治療，能夠切除病變組織，從而改善癥狀。