HPV疫苗通常是不能預防扁平疣的。
HPV疫苗主要是為了預防人乳頭瘤病毒感染，雖然扁平疣是因為感染人乳頭瘤病毒引起的皮膚疾病，但是人乳頭瘤病毒分為許多亞型，扁平疣多由2型、4型、5型引起的，通常并沒有疫苗可以預防。HPV二價疫苗通常可以預防16型、18型；HPV四價疫苗在前者的基礎上，還可以預防6型、11型，有一定的預防尖銳濕疣的作用。HPV九價疫苗除了預防上述的幾種亞型，還包括31型、33型、45型、52型、58型等多種亞型，可以更好的預防宮頸癌、肛門癌等，對于扁平疣不能夠起到很好的預防和治療作用。
平時要注意個人衛生，避免與他人共用生活物品。