通常扁桃仁本身無毒，但吃了之后經過人體代謝，可能會分解出部分有毒物質。如果少量吃扁桃仁，可能不會出現明顯不適，但如果過量吃扁桃仁，則可能會中毒。
扁桃仁是生活中常見的干果類食品，含有豐富的脂肪以及碳水化合物，可以為機體補充一定的營養與能量。但是，扁桃仁不可以多吃，因為扁桃仁中含有苦杏仁甙，雖然苦杏仁甙這種物質本身無毒，但經代謝、水解后會形成有毒的氫氰酸。如果食用過多扁桃仁，就有可能產生大量的氫氰酸，從而導致氫氰酸中毒，大多會出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等表現。嚴重時甚至可能導致意識喪失、休克等情況，從而危及生命。
因此，日常生活中應避免食用過多扁桃仁，并且應將扁桃仁放置在兒童夠不著的地方，以免兒童誤食而中毒。此外，食用過多扁桃仁還容易導致熱量攝入過多，引起肥胖。