通常情況下，兩個月寶寶睡覺搖頭晃腦、手腳亂動可能是缺鈣、維生素D缺乏性佝僂病等原因導致的，不同原因可采取不同的治療方式。具體情況分析如下：
1.缺鈣：缺鈣時，一般會出現煩躁、夜啼、搖頭晃腦、夜間多汗、手腳亂動等癥狀，所以兩個月寶寶睡覺搖頭晃腦、手腳亂動可能是缺鈣導致的。如果兩個月寶寶缺鈣，家長可以在醫生的指導下給兩個月寶寶服用藥物來補充鈣質，比如葡萄糖酸鈣鋅口服溶液、乳酸鈣口服液等，還可以適當的在早晨或傍晚帶寶寶曬太陽。
2.維生素D缺乏性佝僂病：維生素D缺乏性佝僂病是指寶寶體內缺乏維生素D，致使鈣磷代謝失常的慢性營養缺乏性疾病，一般有多汗、夜啼、搖頭、煩躁、睡眠不安、手腳亂動等臨床癥狀，所以兩個月寶寶睡覺搖頭晃腦、手腳亂動可能是維生素D缺乏性佝僂病導致的。建議家長在醫生的指導下給兩個月寶寶服用藥物進行治療，比如維生素AD滴劑、維生素D滴劑等。