頜骨囊腫開窗術的缺點體現在影響治療效果、影響日常生活方面。頜骨囊腫開窗術區別于囊腫刮治術的治療手段，相較于囊腫刮治術，該術式具有損傷小、感染概率小、確保了頜骨完整性等優點，但由于治療周期較長，因此也應當結合患者本身情況，選擇合適的術式治療。
1、影響治療效果：在完成頜骨囊腫開窗術后，由于術后需要佩戴囊腫塞或長期負壓吸引，因此在治療大型牙源性頜骨囊腫時，治療周期最短也需要6個月。因此，相較于囊腫刮治術而言，頜骨囊腫開窗術不適用于記憶力較差的老年人，可能會由于治療時期延長，導致患者忘記復查，從而影響治療效果；
2、影響日常生活：由于術后可能需要長期佩戴囊腫塞，如果患者依從性比較差，不遵醫囑配合治療，可能會影響患者的日常生活，從而造成治療無法繼續的情況。此時建議選擇囊腫刮治術，治療周期更短、更簡便，有利于這類人群恢復。如果是依從性較好的患者，可以在醫生的指導下，選擇頜骨囊腫開窗術進行治療，此時對骨質損傷較小，一般不會影響外觀。