三歲兒童指甲蓋分層可能是外傷導致的，但是也可能是缺乏營養元素、甲真菌病等因素導致的。可配合醫生使用藥物進行治療。
1、外傷：如果兒童指甲曾經受到外傷，可導致長指甲的組織沒有在一個層面上，造成長出來的指甲是分層的。這種情況通常無需治療，家長無需擔心。
2、缺乏營養元素：如果三歲兒童經常挑食、偏食，可導致身體缺乏鈣、鐵、鋅等營養元素，使指甲受到影響出現指甲蓋分層的情況。可配合醫生服用多維元素片（21）、小兒善存片等藥物進行調理。
3、甲癬：甲癬是皮膚癬菌侵犯甲板或甲床導致的甲病變。皮膚癬菌和引起炎癥，炎癥刺激指甲可導致甲板和甲床分離，從而出現指甲蓋分層的情況。可配合醫生服用鹽酸特比萘芬片、伊曲康唑膠囊等藥物進行治療。
三歲兒童指甲蓋分層還可能是遺傳因素導致的。當三歲兒童出現指甲蓋分層的情況時，應及時前往醫院就診，在醫生指導下查明原因對因治療，不可盲目使用藥物。