參杞杜仲丸的副作用不是特別明顯，少部分人可能會出現胃腸道不良反應和過敏反應，如果出現不適癥狀，建議及時就醫診治。
參杞杜仲丸是一種中成藥，主要由人參、川牛膝、巴戟天、杜仲、菟絲子、地黃、枸杞子、地骨皮、熟地黃、當歸、柏子仁、石菖蒲制成，具有益氣補腎的功效，常用于治療腎虛引起的腰膝酸軟、頭暈耳鳴、夜尿頻多等癥狀，還能提高身體免疫力，改善失眠多夢、心悸，提高睡眠質量。
由于是中藥制劑，其藥效溫和，副作用一般不是很明顯，大多數人用藥后沒有不適出現。少部分人可能會出現不適癥狀，需要予以改善。如果沒有遵醫囑用藥，私自加大藥量或胃腸功能比較差，可能會出現胃腸道不適癥狀，比如惡心、嘔吐、腹瀉等。一般建議飯后服藥，遵醫囑用藥。
如果是對參杞杜仲丸中成分過敏者，使用后可能會出現過敏反應，如皮疹、瘙癢等癥狀，此時一般需要及時停藥，嚴重者遵醫囑使用氯雷他定片、鹽酸西替利嗪片等抗過敏藥物治療。極少部分患者可能會出現發熱、寒戰等嚴重不良反應，此時應及時停藥并就醫診治。