在臨床上上任何手術均有一定的風險，雖然腦積水引流手術相對比較簡單，而且手術流程相對完善，但是也有可能出現引流積水的引流管堵塞、脫落、斷裂，或者術中操作不當引發感染，以及有引流過度、引流不足等問題。一般后遺癥的發生率比較低，若腦積水患者自身病情較重，可能會因術中操作不當，或者手術難度過大等，引發一系列后遺癥。
一、手術危險：1、引發感染：是腦積水引流術后常見的并發癥之一，患者常有頭痛、全身發熱、寒戰等癥狀，實驗室檢查時可見血白細胞增高。可能與術中抗感染程度不夠、術后引流部位皮膚污染等原因有關，可以在醫生指導下積極進行抗感染治療；
2、引流管堵塞：引流過程中可能會出現腦組織碎屑、凝血塊可能會堵塞管道，導致引流阻塞；
3、引流過度：腦積水患者引流過度時，可能會出現惡心、嘔吐、頭暈、頭痛、視力障礙等問題，嚴重時可能引起腦室分流性低顱內壓、裂隙腦室、硬腦膜下血腫等，應及時通知醫生處理；
4、引流不足：引流不足的腦積水患者臨床癥狀基本沒有明顯緩解，可以通知醫生調節引流管壓力，或者更換其他適合的引流管；
5、其他：術中抗感染程度不夠、術后引流部位皮膚污染等可能會引發顱內感染，患者常有頭痛、全身發熱、寒戰等癥狀，實驗室檢查時可見血白細胞增高，可以在醫生指導下積極進行抗感染治療。也有部分腦積水患者的引流管出現脫落、斷裂等問題，可以通過影像學檢查進行查看，必要時可以再次進行手術連接。
二、后遺癥：臨床上腦積水引流術后的后遺癥比較少，但是由于部分患者可能因疾病原因，本身存在智力障礙、運動障礙、聽力障礙、視力障礙，甚至癲癇發作等問題，所以引流術中或術后操作不當，可能會刺激腦組織，造成此類疾病癥狀加重，進而有可能引發進行性智力障礙、腦癱、癲癇，甚至失聰、失明等后遺癥。