如果腘窩囊腫的體積較小，一般采用微創手術比較好，如果腘窩囊腫的體積較大，通常是開刀比較好。
腘窩為膝后區的菱形凹陷，含有重要的神經和血管。無論是微創手術還是開刀手術，患者都需要完善術前檢查，以排除手術禁忌證。如果腘窩囊腫的體積較小，手術難度不高，一般采用微創手術比較好，具有創傷小、疼痛輕、恢復快、減少術后不適等優點。如果腘窩囊腫的體積比較大，一般采用開刀的方式比較好。因為微創手術的視野相對比較局限，而開刀手術的視野相對比較大，能夠治療手術難度較高的疾病。
術后患者需要臥床休息，避免劇烈運動，在身體條件允許的情況下，患者應配合醫生進行康復訓練。