若身體存在相應疾病，在醫生的指導下選擇磁石進行治療，通常不會對身體造成傷害，但不建議長期使用。如果自行長期吃磁石，可能會對身體有害，如損傷脾胃，所以不可私自用藥或延長用藥時間。
磁石味咸性寒，歸心經、肝經、腎經，具有鎮靜安神、平肝潛陽、聰耳明目、納氣平喘的作用，可用于治療心神不寧、心悸、失眠、頭暈目眩、耳鳴眼花、視物昏花等不適癥狀。如果機體存在上述不適，就可以在醫生的指導下服用磁石。當疾病緩解后，應遵醫囑及時停止服用，避免對身體造成傷害。
磁石性寒，長期服用會導致寒邪損傷脾胃，影響脾胃運化，引起腹脹、腹痛、惡心、腹瀉、嘔吐等不適癥狀。因此，長期吃磁石會對身體造成傷害。而且由于磁石性寒，故不建議脾胃虛弱的患者服用，以免導致疾病加重。
從現代醫學角度分析，磁石屬于氧化類礦物質藥物，主要成分是四氧化三鐵，同時還含有鉻、錳、銅、鋅、砷等礦物質，長期吃導致攝入過量，可能會加重肝臟代謝負擔，體內堆積過量時會引發中毒，可能會出現頭痛、眩暈、心悸、嘔吐、心悸、呼吸困難等不適癥狀，對身體有一定損傷。