一般情況下，寶寶功能性便秘通過藥物治療、一般治療、物理治療等方式來治療最好。具體情況分析如下：
1.藥物治療：寶寶功能性便秘是指具有便秘癥狀，但內鏡檢查未發現胃腸道有結構性異常或生化學異常的功能性腸病，家長可以在醫生的指導下給寶寶使用乳果糖口服溶液、開塞露、麻仁丸等藥物來治療。
2.一般治療：家長可以在寶寶進食后，幫助寶寶通過適當的活動來改善其胃腸道功能，并且注意寶寶每日補充充足的飲水量。
3.物理治療：家長可以用手輕揉寶寶的腹部，通過物理刺激，增加胃腸道的蠕動頻率，從而促進糞便的排出。