龜頭表皮里面有小疙瘩可能是珍珠狀陰莖丘疹、毛囊炎、生殖器皰疹、包皮龜頭炎等疾病引起的，需要及時到醫院檢查，根據發病原因進行治療。
1、珍珠狀陰莖丘疹：發病原因不完全明確，考慮與局部刺激有關，會導致局部皮膚出現珍珠疹或者是半透明丘疹，隨著丘疹的體積逐漸增大可能會出現龜頭表皮里面有小疙瘩。可以遵醫囑涂抹夫西地酸乳膏、紅霉素軟膏等藥膏治療；
2、毛囊炎：可能是金黃色葡萄球菌感染引起的，會出現紅色丘疹、白色膿皰以及瘙癢等，當白色膿皰增大時會引發龜頭表皮里面有小疙瘩。可以遵醫囑涂抹夫西地酸乳膏，同時還需要口服頭孢呋辛酯片、鹽酸多西環素膠囊等藥物治療；
3、生殖器皰疹：可能是單純皰疹病毒感染引起的，具有傳染性，會通過性傳播，好發于龜頭、肛門以及包皮等部位，會造成局部皮膚水皰、糜爛、瘙癢及燒灼感等癥狀，同時還有可能會引發龜頭表皮里面有小疙瘩。可以遵醫囑服用阿昔洛韋分散片；
4、包皮龜頭炎：可能是細菌、真菌等感染，或局部刺激、外傷等原因導致的，可能表現為皮膚黏膜水腫、紅斑、糜爛、潰瘍等癥狀，并出現龜頭表皮里面有小疙瘩的情況。可以遵醫囑外用莫匹羅星軟膏、紅霉素軟膏等藥膏治療。