臨床上難以通過孕酮值直接排除宮外孕的情況，宮外孕屬于一種妊娠狀態，又稱為異位妊娠，屬于異常妊娠。由于胚胎著床部位異常，胚胎發育較正常宮內妊娠發育更差，故HCG、孕酮水平可能也較之正常妊娠更低，但無法通過這一點排除異位妊娠。
臨床一般通過血或尿HCG判斷是否懷孕，然后通過B超檢查確定妊娠類型，排除異位妊娠的情況。通常情況下異位妊娠的胚胎發育較差，HCG和孕酮值可能比較低，但這種情況也并不絕對。如果異位妊娠時的胚胎是活胎，種植在基層較厚的輸卵管部位，此時的孕酮值也可能不會出現較低的情況。另外正常妊娠時也可能會發生胎停育的現象，此時的HCG、孕酮值也偏低。因此通過HCG、孕酮值無法直接排除異位妊娠，建議孕婦進行B超檢查。
B超檢查時，如果在子宮腔內看到妊娠囊，則可確定屬于正常妊娠。如果在子宮腔外，如輸卵管等部位出現包塊，而子宮腔內無法看到妊娠囊，則異位妊娠的幾率比較高。孕婦需要及時遵醫囑進行藥物治療，應用甲氨蝶呤片、米非司酮片等抑制胚胎組織，將其及時排出體外，部分孕婦可能需要進行輸卵管切除術等。