試管嬰兒會有出現畸形兒的幾率，任何自然妊娠中發生的胎兒畸形可能，也均有可能會發生在試管嬰兒中。不過一般認為試管嬰兒畸形的發生率，并不會比自然妊娠高。
試管嬰兒技術已經有三代，第一代是體外受精胚胎移植，將精子放在培養皿中與卵子進行自然受精并發育成胚胎后，移植到女方子宮內，第二代是用顯微注射技術幫助受精，第三代是在第二代的基礎上進行胚胎篩選，以降低或預防遺傳病的發生。無論是哪一代的試管嬰兒技術，胚胎發育成嬰兒的過程，都是在女性子宮內完成，所以試管嬰兒也均存在出現畸形兒的幾率。
出現畸形兒的原因尚不明確，為了預防畸形兒，需要仔細檢測各種可能出現畸形兒的因素。建議孕前或懷孕期間接受基因檢測和早期畸形兒檢測。同時懷孕期間，男女雙方均要戒煙、戒酒、避免服用藥物等，減少可能導致畸形兒的因素，并且定期接受產前檢查。