早上起床呼吸困難氣短伴咳嗽，通常是神經因素、環境因素、支氣管炎、支氣管哮喘、慢性阻塞性肺疾病等引發的，因此患者可以在醫生的指導下接受藥物治療。
1、神經因素：人體呼吸道平滑肌受交感神經和副交感神經支配。若剛睡醒時副交感神經依舊處于興奮狀態，而交感神經仍受抑制，則可能出現呼吸困難的癥狀。這種情況通常無需特殊治療，可通過主動呼吸、適當活動來改善。
2、環境因素：臥室環境密閉或養有植物時，植物夜間的細胞呼吸可能與人競爭室內的氧氣，導致睡眠中缺氧，從而在剛睡醒時出現呼吸困難。改善通風條件可緩解此癥狀。
3、支氣管炎：支氣管炎描述的是由多種因素引發的氣管和支氣管黏膜以及其附近組織的發炎狀況。主要的癥狀包括早晨醒來時呼吸不暢和呼吸急促，同時伴有咳嗽。部分患者還可能出現惡心、嘔吐、乏力和胸悶等不適。根據醫生的建議，患者可以使用鹽酸左氧氟沙星膠囊和阿奇霉素分散片等藥物進行治療。
4、支氣管哮喘：由于呼吸道感染及理化因素刺激所致，可出現咳嗽、胸悶、氣短等癥狀。需要遵醫囑使用硫酸特布他林顆粒、硫酸沙丁胺醇緩釋膠囊等藥物來治療。
5、慢性阻塞性肺疾病：慢性阻塞性肺疾病以持續的氣流受限作為其顯著特點。疾病的發生可能與患者長時間的過量吸煙和飲酒有關，或者是因為患者長時間居住在受到空氣污染的環境中所致。當患者生病時，可能會在早晨醒來時感到呼吸不暢、呼吸急促并伴有咳嗽。部分患者還可能出現咳痰、咯血和食欲減退等不適。在醫生的建議和指導下，可以考慮使用沙美特羅替卡松粉吸入劑和富馬酸福莫特羅粉吸入劑等藥物進行治療。
在接受治療的過程中，應確保居住環境具有良好的通風和透氣條件，多攝取溫水，并培養健康的個人衛生行為，定期進行身體檢查，這將對病情的恢復起到一定的促進作用。