防己黃芪湯的副作用較小，一般是對癥用藥，較少出現的不適癥狀。但如果沒有對癥用藥，可能會引起病情加重、過敏的情況，建議謹遵醫囑。
防己黃芪湯是一個中藥方劑，由防己、黃芪、白術、大棗、生姜、甘草制成，因為中醫臨床上講究“千人千方”，所以具體的中藥成分，根據每個人的病情不同，有所加減。防己黃芪湯具有利水除濕、益氣健脾的功效，常用于治療氣虛水腫、風濕痹癥等病癥，對于腎衰竭、肝硬化等疾病引起的小便不利、水腫等不適癥狀，有一定緩解功效。此外，防己黃芪湯針對不同的病癥，可以配伍添加其他藥材，比如，加麻黃緩解氣喘，加芍藥緩解腹痛，加石膏緩解口渴、身熱。
中藥方劑多是對癥用藥，較少出現副作用。但因為防己黃芪湯是煎煮服用，如果沒有謹遵醫囑用藥，不注意用藥量，可能會引起病情加重。此外，如果沒有提前告知過敏史，對方劑中的部分藥材過敏，可能會引起腹痛、腹瀉等過敏反應。
建議患者在用藥前，謹遵醫囑，也要盡量將自己的病史告知醫生，避免用藥不當，引起不適癥狀。