起床拉肚子可能是正常的生理性因素，也可能是腸胃炎造成的。患者應到醫院就診，根據檢查結果采取針對性治療。
1、生理性因素：起床拉肚子可能是腸易激綜合征，腸道比較敏感，而早晨腸道蠕動比較活躍，加快排便，且大部分人都有早上排便的習慣，屬于正常的生理現象，一般不需要做特殊處理。患者在睡覺時，注意睡前不要暴飲暴食或處于饑餓狀態，也要緩解情緒緊張，注意腹部保暖，避免腹部受涼引起腸痙攣，出現腹痛、拉肚子的癥狀。
2、腸胃炎：如果患者起床拉肚子，還伴隨有腹脹、腹痛等癥狀難以緩解，可能是患有腸胃炎，應及時就醫診治。腸胃炎可能是在睡前飲食過多或吃了不干凈食物，導致腸道受細菌感染，也可能是腹部受涼、炎性腸病等原因誘發的，癥狀嚴重者可能出現便血、頭暈、發熱、惡心、嘔吐等癥狀。患者應及時就醫，可遵醫囑使用鹽酸左氧氟沙星膠囊、硫酸慶大霉素緩釋片等藥物治療。
患者如果出現肚子疼的癥狀，可到醫院做腹部CT、大便常規、腸鏡等相關檢查，根據檢查結果采取針對性治療。在日常生活中要注意飲食清淡為主，少吃辣椒、辣條、大蒜等辛辣刺激性食物，避免刺激胃腸道，多做腹部運動，日常注意腹部保暖，可通過熱敷、按摩等緩解腹部出現的不適癥狀。