一般患者進行心臟電生理檢查后，出現后遺癥的概率較低。若存在嚴重的心臟疾病，進行心臟電生理檢查后，有可能出現后遺癥，如血管損傷。
心臟電生理檢查主要用來評價心臟竇房結和房室結的功能，是利用電極導管在患者心臟起搏時，記錄心內電活動，根據波形、頻率等數據，分析其表現和特征。醫生可以結合臨床癥狀來進行綜合判斷，可以判斷心電活動的起源部位、心臟傳導速度、傳導方式，進而判斷心律失常的類型。因該項檢查相對安全，一般患者不會出現后遺癥。但對于有嚴重代償性心臟病的患者，有可能造成血管損傷，出現動靜脈瘺、假性動脈瘤、血腫、出血、肺栓塞、心臟穿孔等情況，具體與患者原發疾病的嚴重程度有關。
心臟電生理檢查常用于有臨床癥狀，但經心電圖、動態心電圖等檢查不能明確診斷的患者，還可用于指導藥物和導管消融治療。對于有全身感染、嚴重肝腎功能不全、心功能損傷的患者不建議使用，以免增加后遺癥出現的風險。