下丘腦性閉經較為復雜，可能涉及內分泌科、神經內科、營養科、心理科等多個學科，所以下丘腦性閉經很難治。建議患者及時到醫院進行相關的檢查，明確引起下丘腦性閉經的病因，并在專業醫生的指導下積極治療。
下丘腦性閉經可能與遺傳有關，也可能與腫瘤、創傷、感染等器質性病變有關，還可能與營養代謝、心理或體格應激因素等有關，此外，還可能與服用抗精神病藥物，或者抗抑郁藥物，或者避孕藥物等有關，其原因較為復雜，涉及多個學科，可能需要進行多項檢查才能進行確診，并且還容易和多囊卵巢綜合征相混淆。
下丘腦性閉經可能是多種因素共同作用的結果，如神經性厭食，因此也比較難治，可能需要遵醫囑進行聯合治療，如可以給予精神鼓勵和關懷，適當應用抗抑郁藥物，必要時采取腸外高營養物質補充，而遺傳導致的下丘腦性閉經，可能無法完全治愈，因此也比較難治，需要遵醫囑進行對癥處理。