一般情況下，可自行觸摸到的耳道部位僅為外耳道，內耳道是不能觸及的部位，因此，考慮此處多指代外耳道。碘伏可以擦外耳道，但是不可以自行使用棉簽蘸取擦涂，而是應該在耳鼻咽喉科的醫生指導下進行，避免導致局部損傷。
碘伏屬于醫用消毒制劑，臨床主要用于消毒黏膜、皮膚等部位，所以進行耳道消毒時可以用碘伏，但是由于藥物具有一定的刺激性，應注意避免使用量過大或者頻繁使用碘伏消毒，以免導致局部損傷誘發不適癥狀。
碘伏可殺滅大部分細菌、病毒以及真菌和原蟲，在耳鼻喉科常用于真菌性外耳道炎的治療，可以在使用藥物進行沖洗后局部用碘伏紗條填充外耳道，能夠有效抑制病菌的滋生。但是需要注意，不建議自行使用碘伏紗條或者棉簽反復擦拭外耳道，避免由于刺激導致局部破損誘發疼痛。
此外，皮膚有真菌感染、燙傷及細菌感染時，也可以用碘伏進行涂擦，由于碘伏對皮膚、黏膜刺激性小并且殺菌效果較好，已經基本代替酒精、碘酒等刺激性消毒液。
