牙齒根部有黑色污垢可能是由于牙根齲壞，齦下牙結石，黑色素沉積等原因造成。
1.牙根部齲壞：
牙齒出現頸部或根部出現齲壞后，齲洞上就會逐漸形成一些腐敗壞死的組織，而這些腐敗壞死的組織，通常呈現出灰黑色或者是黑褐色，透過牙齦就可以觀察到牙齒根部發黑。
2.齦下牙結石：
如果平時不注意口腔衛生，在進食后沒能及時清潔牙齒，使牙頸部堆積食物殘渣、軟垢，逐漸形成牙菌斑，當牙菌斑逐漸發生鈣化后，就會形成齦下牙結石，而齦下牙結石呈現灰黑色，透過牙齦就可以看到牙齒根部發黑。
3.黑色素沉積：
如果在吃了帶有色素的食物，發現牙齒有黑色污垢，則可能是牙齒表面產生了色素沉著，出現牙齒有黑色污垢。除此之外，吸煙也會在牙齒上留下黑色污垢。
牙齒有黑色污垢后，應及時就診，明確病因，在醫生的指導下進行規范治療。