對于先天性腸閉鎖孩子的壽命，并不能一概而論。如果孩子病情較輕，經過積極地治療，一般預后較好，對孩子的壽命沒有影響。如果病情比較嚴重，或沒有積極治療，可能會導致孩子發育不良，對孩子壽命產生影響，但孩子的壽命多長并沒有一個準確的數字。
腸道是吸收營養物質的重要臟器，孩子在胚胎時期發育異常，或是出現腸道血液循環障礙等情況，都可能導致腸道出現閉鎖。如果孩子腸閉鎖的部位比較少，正常的腸段可以達到60厘米以上，經過積極的治療，將閉鎖的腸段截斷，再將正常的腸段進行縫合，一般不會影響孩子壽命。如果孩子是多段腸閉鎖，剩余正常的腸段不到40厘米，這種情況被稱為短腸綜合征。由于正常腸段過短，不能正常吸收營養物質，會導致孩子發育不良，這種情況比較嚴重，如果不經過積極治療，可能會并發腸穿孔、腸壞死等，對孩子生命造成威脅，影響孩子壽命。
先天性腸閉鎖術后，應給予孩子早期喂養，給予營養支持，促進腸道功能恢復正常。日常生活中，飲食要定時定量、少量多餐，保護孩子的腸道功能。