生殖器皰疹與毛囊炎的區別可以從幾個方面分析，比如感染類型不同、臨床癥狀不同、治療方法不同等。若患者出現相應的癥狀，可到醫院就診，由專業醫生進行判斷，明確具體的類型。
1、感染類型不同：生殖器皰疹為單純皰疹病毒感染導致的皮膚疾病，可通過性行為傳播。毛囊炎多為金黃色葡萄球菌感染引起，少數也可能為銅綠假單胞菌、馬拉色菌導致，通常無傳染性；
2、臨床癥狀不同：生殖器皰疹患者主要表現為生殖器周圍的皮膚出現水皰，并且水皰較多且密集，伴有較為不同程度的灼熱或疼痛感。而毛囊炎患者在全身各處都可以出現丘疹樣的皮膚損害，通常數量較少，有時可伴有疼痛，但不明顯；
3、治療方法不同：生殖器皰疹患者需要進行抗病毒治療，可在醫生指導下服用阿昔洛韋、伐昔洛韋等藥物，或者外涂阿昔洛韋乳膏。毛囊炎患者需要針對不同病原體采取不同的治療措施，若存在細菌感染，可以外涂莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏，或者口服阿莫西林、四環素等。對于真菌感染則可以外用特比萘芬乳膏、酮康唑洗劑等，或者口服伊曲康唑、氟康唑等。