肛門附近有小坑可能是生理性因素導致的，也可能是感染、肛瘺等病理性因素導致的，如果患者出現不適癥狀，建議及時就醫，可以做視診、觸診、腹部CT等相關檢查，明確病因后采取相應治療。
一、生理性因素
如果是肛門上方有一個小坑，比較淺，也沒有癥狀產生，這并不是疾病導致的，而是尾椎骨的窩，屬于正常的生理性現象，大部分人都有這個窩，通常不需要采取治療。
二、病理性因素
1、感染：如果患者不注意肛門部位的清潔，在大便后沒有擦干凈糞便，可能會導致肛門有細菌滋生，引發感染，出現化膿性炎癥，對皮膚造成損傷，出現小坑。如果炎癥感染引發的皮損還未恢復，引發疼痛、瘙癢等不適癥狀，可以遵醫囑使用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏等抗菌藥物治療，緩解不適。
2、肛瘺：肛門附近的小坑可能是肛瘺，處于直腸及肛門的交界處，通常是因為肛門直腸有細菌感染，從而引起炎癥化膿，化膿破潰后會形成肛瘺，是不易愈合的管狀窟窿眼。建議就醫檢查，查看是否為肛瘺，如果被確診，可以在醫生指導下采取切開引流術或切開掛線術引流。
肛門附近的小坑，少部分可能是毛囊炎導致的，建議就醫檢查，明確病因后采取相應治療。