六神丸涂抹后主要會產生過敏反應、加重病情等副作用。如果患者口服六神丸，還可能會產生消化系統不適、神經系統不適等副作用。
1、過敏反應：六神丸主要由人工麝香、雄黃、蟾酥、珍珠粉、牛黃、冰片六種成分組成，如果患者對某一成分過敏，涂抹后可能會導致過敏，容易產生過敏反應，引起皮疹、瘙癢等不適癥狀。患者這時應該停止使用藥物，及時到醫院的中醫科或皮膚科就診，也可以遵醫囑使用鹽酸西替利嗪片、氯雷他定片等藥物進行治療，能夠起到抗過敏的作用。
2、加重病情：如果患者患處已經出現流膿或已潰爛，可能會引起感染，這時外敷六神丸不但會引起局部皮膚的感染，嚴重者可以引起全身的感染，導致病情加重。因此患者在外敷六神丸的時候需要注意觀察傷口的情況。
此外，患者如果是口服六神丸，藥物可能會對胃腸道造成一定的刺激，容易引起消化系統不適，導致惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等不適癥狀。也可能會引起頭暈、煩躁、口唇麻木、四肢麻木等神經系統不適癥狀。患者這時需要換藥治療。
對本品過敏者禁用，新生兒或孕婦也應該禁用此藥，以免影響身體健康。
