激光治療扁平疣有一定的疼痛，由于每個人的體質不同，對于疼痛的耐受程度也不一樣，激光治療扁平疣出現疼痛均屬于正常現象。扁平疣的發生與人乳頭瘤病毒感染有關，具有較強的傳染性，當病毒入侵之后會在體內不斷復制和增殖，引起細胞異常分化和增生，從而誘發扁平疣。
當患有扁平疣后，可以在醫生指導下使用外用藥物治療，比如咪喹莫特乳膏。若扁平疣的數量比較少，可以采取激光治療，比如脈沖染料激光，采取的是高溫的方式，可以使局部皮損的組織壞死和脫落，治療早期由于扁平疣的疣體高于皮面，局部無神經，一般不會有疼痛感。隨著扁平疣的疣體變薄，越接近底層疼痛感越明顯，多數在人體耐受的范圍之內，不需要過于擔心。此外，激光治療直接作用于局部皮膚，在做激光治療前通常需要在皮膚表面涂抹表面麻醉劑，如果自身對于疼痛的耐受能力較強，一般不會引起明顯疼痛。
雖然激光治療的效果比較好，但是術后需要積極配合醫生護理，防止留下瘢痕。在局部創面干痂、脫落前應保持干燥，避免沾水，同時應注意避免搔抓。治療后應注意局部皮膚的防曬，避免出現色素沉著。