代煎中藥一般不建議冷凍保存。
因為冷凍后的中藥在解凍過程中可能會破壞藥物中的有效成分，從而影響藥效。而且，冷凍保存容易導致藥液的外包裝袋破損、鼓脹，若患者直接服用過冷的藥湯，還容易刺激胃腸道，引起惡心、嘔吐、腹瀉等不適癥狀。
對于代煎的中藥，更推薦采用冷藏的方式進行保存。可以將代煎好的中藥放入冰箱冷藏室中，注意調整冷藏室的溫度，一般建議在0℃-5℃范圍內。對于醫院已經熬制好的袋裝中藥，由于是真空包裝，較少受到污染，可以放在冰箱冷藏保存，但一般不建議放入冷凍箱。冷藏保存的中藥在服用前需要加熱，以避免冷熱不勻導致腸胃不適。
此外，代煎中藥的保存時間也需要注意。冷藏保存的中藥一般不應超過一定的期限，特別是當煎煮的中藥中含有某些特殊成分時，如動物類中藥或高糖中藥，保存時間應更短。同時，應定期檢查藥液是否出現變色、異味等異常現象，一旦發現應及時咨詢醫生。