通常情況下，藿香正氣丸如果對癥服用，一般2-3天癥狀緩解后，可以停藥，但是個別情況下，如果病情需要，也可以服用10天。
藿香正氣丸由藿香、紫蘇、白芷、半夏曲、陳皮、白術、茯苓、厚樸、大腹皮、桔梗、甘草等組成，屬于芳香化濕劑，具有解表化濕、理氣和中的功效，在臨床上主要用于濕濁中阻所導致的疾病。如外感風寒、內傷濕滯等導致的惡寒發熱、頭痛、食欲下降、惡心嘔吐、腸鳴腹瀉、腹脹腹痛等癥狀。濕濁中阻氣機不暢，損傷脾胃，會導致脘腹脹滿，由于濕邪粘滯袪除緩慢，可以根據臨床情況，適當延長使用時間，遵醫囑按照療程使用。現在臨床上應用于暑濕感冒以及夏季急性胃腸炎，具體使用的時候可以根據臨床癥狀以及感冒的病程，確定服用時間，必要的時候可以服用7-10天，當飲食減少、腸鳴泄瀉、腹脹腹痛等癥狀消失之后，可以停藥。
藿香正氣丸及其他制劑，在臨床上應用得相當廣泛，特別是在夏季的時候，感受風寒或者是暑濕之邪，出現吐瀉、腹痛時可以酌情使用。由于藿香正氣丸屬于中藥制劑，需要分析辨證后，在中醫醫生指導下使用。