一般來說，每天早上起來右邊腎疼一會又好了可能是腎盂腎炎、腎結石等原因引起的，患者需要根據自身情況進行相應的處理。具體分析如下：
1.腎盂腎炎：腎盂腎炎是由致病微生物引起的腎盂和腎實質炎癥，患者可能會出現每天早上起來右邊腎疼一會又好了的現象，一般還伴有發熱、尿頻等癥狀，患者可以在醫生的指導下服用左氧氟沙星片、頭孢地尼分散片等藥物進行治療，同時注意多喝水、多排尿。
2.腎結石：腎結石是發生于腎盞、腎盂及腎盂與輸尿管連接部的石化異物，患者可能會出現每天早上起來右邊腎疼一會又好了的現象，一般還伴有腰痛、尿血等癥狀，患者可以在醫生的指導下服用排石顆粒、金錢草顆粒等藥物進行治療，如果癥狀嚴重，還可以在醫生的指導下通過經皮腎鏡取石術、腹腔鏡手術等方式進行治療。