華佗透骨液是一種保健品，不存在副作用的說法，但使用不當可能會產生負面影響。
直接將本品涂抹于皮膚上，對金黃色葡萄球菌、白念珠菌等有輔助抑制作用，還可以在一定程度上改善肩周炎、關節炎等病癥引起的不適，比如肩部、腰部、腿部、手足以及關節疼痛的癥狀。但是部分皮膚比較敏感的人群使用華佗透骨液后，可能會出現皮膚瘙癢、紅腫等過敏的情況，也有部分皮膚灼熱的現象，需要馬上停藥，多數患者的不適會自行緩解。若癥狀不能緩解，建議及時就醫檢查和治療。
華佗透骨液的成分比較多，添加了大量中藥，以狼毒、艾草、金銀花、紫草、白鮮皮、蘆薈等為主，還含有醋酸氯己定、礦物油、甘油等物質，具有消炎止痛、活血化瘀的作用。涂抹本品以后，可以對局部做適當按摩以及烤電治療，能夠加快局部的血液循環，各種成分吸收和發揮作用的效果會更好。
調理一段時間后要觀察自身的恢復效果，若沒有得到有效改善，建議及時更換調理方法。同時要注意，華佗透骨液并不是正規藥物，不能起到明顯的治療疾病作用，如果想要治愈相關疾病，建議積極就醫。