遵醫囑服用牛黃清胃丸通常不會傷胃，如果使用不當，可能會傷胃。
牛黃清胃丸由人工牛黃、大黃、菊花、麥冬、薄荷、石膏、梔子、玄參、番瀉葉等藥物組成，具有清胃瀉火、潤燥通便的功效，主要用于改善心胃火盛的情況，緩解頭暈目眩、口舌生瘡、牙齦腫痛、咽喉干癢、乳蛾、便秘、尿赤等不適癥狀。遵醫囑使用該藥物可以起到清胃的功效，一般不會傷胃。但中醫認為苦寒的藥物容易損傷胃，牛黃清胃丸中含人工牛黃、大黃、菊花、麥冬等苦寒的藥物，如果長期大量服用，可能會損傷胃氣，引起脾胃虛弱。此外，該藥物不能大量服用，可能會刺激胃黏膜，對胃的健康造成影響。
建議遵醫囑服用牛黃清胃丸，服用藥物期間清淡飲食，避免吃花椒、辣椒、芥末等，以免影響藥物的藥效。